Про ниндзя существует множество легенд как в Японии, так и за ее пределами.

Тайные кланы ниндзя начали появляться в Японии в IX-XII веках, почти одновременно с возникновением самураев. Ниндзя являлись, по сути, высокопрофессиональными разведчиками и диверсантами того времени, обладали комплексом знаний и навыков по маскировке, методам убийства, организации партизанских операций и добыванию информации.

Идея кланов ниндзя была заимствована из Китая и Кореи, где существовали особые родовые кланы диверсантов и шпионов, исповедовавшие секретные даосские учения. После VIII века в Японии появились кланы горных отшельников Ямабуси, устроенные по их подобию. Отшельники этой секты занимались тяжелыми физическими тренировками, целью которых было совершенствование духа, а также занимались изучением и сохранением знаний по химии, медицине, магии и т.д. На основе секты Ямабуси появилось тайное искусство ниндзюцу.

Специфическими услугами кланов ниндзя пользовались различные феодальные князья. Расцвет искусства ниндзя пришелся на гражданскую войну 1467-1568 гг., в то время в Японии было около 70 кланов ниндзя. Большинство легенд о ниндзя сложены про события той «Эпохи воюющих провинций».

После войны основные поселения ниндзя были уничтожены Ода Нобунага, а оставшиеся в живых ниндзя стали сотрудниками тайной полиции О-мэцукэ, но люди, владеющие искусством ниндзяцу встречались вплоть до XIX века.